Správní rada Muzea paměti XX. století jmenovala následující osobnosti jako členy kolegia, které je jejím poradním odborným orgánem:
JUDr. PhDr. Stanislav Balík, Ph.D. – bývalý ústavní soudce, rektor Právnické fakulty Západočeské univerzity v Plzni
prof. PhDr. Stanislav Balík, Ph.D. – politolog, děkan Fakulty sociálních studií MUNI
prof. PaedDr. Stanislav Bendl, Ph.D. – vedoucí Katedry pedagogiky, Univerzita Karlova, Pedagogická fakulta
Mgr. Petr Daubner – středoškolský učitel dějepisu a zeměpisu
Prof. PhDr. Václav Horčička, Ph.D. – ředitel Ústavu světových dějin FF UK
Mgr. et Mgr. Viola Jakschová – historička a projektová koordinátorka
JUDr. Ivana Janů – předsedkyně ÚOOÚ, dříve ústavní soudkyně a soudkyně mezinárodního trestního soudu v Haagu
prof. PhDr. Vladimír Just, CSc. – publicista, člen katedry divadelní vědy na FF UK
Dr. Łukasz Kamiński – ředitel Platformy evropské paměti a svědomí, bývalý ředitel IPN
doc. Mgr. Bohunka Koklesová, Ph.D. – kunsthistorička, rektorka Vysoké školy výtvarných umění v Bratislavě
PhDr. Jan Koura. Ph.D. – historik, Ústav českých dějin FF UK
PhDr. Petr Koura, Ph.D. – historik, Ústav českých dějin FF UK
doc. PhDr. Petr Kreuz, Dr. – Archiv HMP, zaměřuje se na soudní archiválie
prof. JUDr. Jan Kysela Ph.D., DSc. – ústavní právník, PF UK
doc. Ing. arch. Zdeněk Lukeš – architekt, historik architektury
PhDr. Jaromír Mrňka – historik, ÚSTR
Doc. RNDr. Martin Palouš – bývalý mluvčí Charty 77, zabývá se teorií totalitarismu, přednáší na univerzitě v New Yorku, spolupracuje s Muzeem holocaustu
Ludmila Rakušanová – novinářka, bývalá redaktorka Rádia Svobodná Evropa
Ing. Michael Rund – ředitel Muzea Sokolovska
Bc. František Stárek – disident, pracovník ÚSTR
Doc. Mgr. Michal Stehlík, Ph.D. – historik a muzejník, náměstek ředitele Národního muzea
Dr. Paweł Ukielski – zástupce ředitele Muzea Varšavského povstání
Mgr. Martin Vadas – filmový režisér, kameraman a dokumentarista
PhDr. Pavel Žáček, Ph.D. – historik, poslanec, bývalý ředitel ÚSTR